動物戦隊ジュウオウジャーはキャンプ場で大自然を楽しんでいました。

そこに、以前平和を守るために妖怪退治をしていた手裏剣戦隊ニンニンジャーが乱入します。

ニンニンジャーは、なぜかジュウオウジャーを妖怪軍団だと思い込み、ジュウオウジャーを討伐しようとします。

しかし、そこに伊賀崎快晴という少年がいきなり登場します。なんと少年は、タイムスリップしてきた、伊賀崎天晴（アカニンジャー）の子供だというのです。

少年は「スーパー戦隊は、ニンニンジャーとジュウオウジャーの争いのせいで終焉してしまう」と語ります。

少年は「タイムワープの術」で、アカニンジャーが生存しているこの時代にタイムスリップしてきたのだという。

風切大和（ジュウオウイーグル）とアカニンジャーは、少年の言い分に沿って争いをしないようにします。

しかし、悪の企みにより、ニンニンジャーとジュウオウジャーの争いはもはや必然のものとなっていました。必殺技による激しい爆発で、ニンニンジャーとジュウオウジャーの12名は悲惨な最期を迎えます。

スーパー戦隊はこれで終焉してしまうのでしょうか?頑張れ!英雄たち!世界の平和はスーパー戦隊にかかっている!